La nascita del Museo d’arte moderna e contemporanea di Bolzano risale al 1985, quando un’associazione privata fonda, con il sostegno della Provincia Autonoma di Bolzano, il Museo d’Arte Moderna, che inizia la propria attività  nel 1987 sotto la direzione di Pier Luigi Siena.
Finalità  del museo, la promozione delle arti visive, con attenzione ai contatti tra l’area culturale e linguistica italiana e tedesca. Nel 1991 il museo assume il nome di Museion, e rinforza l’intento di allargare e relazionare l’attività  collezionistica ed espositiva a molteplici espressioni del mondo dell’arte. Dal 2000 Museion è il Museo d’arte moderna e contemporanea: si pone innanzitutto come catalizzatore di linguaggi del presente e di orientare anche l’acquisizione del patrimonio museale in tale direzione, ma è anche connessa alla realizzazione di una nuova sede museale. Infatti, nel 2000 è stato bandito un concorso internazionale, che ha premiato il progetto degli architetti KSV Krà¼ger, Schuberth, Vandreike di Berlino.
La costruzione proposta da KSV convince grazie alla sua semplicità  nel suo aspetto esteriore, paragonabile ad una scatola collocata sul terreno edificabile. L’impatto visivo con l’edificio è fortemente significativo: la costruzione ha nella sua immediata riconoscibilità  qualcosa di un logo, che anche in futuro sarà  legato ai contenuti del museo. Il contenuto simbolico di questo segno è la rappresentazione di un passaggio: il museo come luogo facilmente accessibile, aperto a tutte le persone interessate e che allo stesso tempo svolge un ruolo importante nel contesto museale sovraregionale. I lavori per la costruzione del nuovo museo sono iniziati nel 2003.
Attualmente Museion si trova ancora nella sede originaria, ovvero nell’edificio costruito nel 1860 dall’architetto monacense Robert Altmann, all’interno del quale convive con la Libera Università  di Bolzano. L’attività  è concentrata sumostre temporanee e sul lavoro scientifico e didattico connesso. La scarsa visibilità  dell’istituzione e la graduale riduzione degli spazi a disposizione hanno indotto Museion ad incrementare l’attività  al di fuori della propria sede: Museion si è così fatto e si sta facendo promotore di una serie significativa di iniziative volte a portare l’arte contemporanea in spazi non sempre ad essa deputati, ma che di fatto non restano slegate dal contesto museale.
Ciclicamente, Museion continua a presentare al pubblico parti della propria collezione, in particolare le acquisizioni di opere monumentali, sovente realizzate su commissione e pensate per occupare una singola stanza, in attesa di poter esporre scelte molto più ampie nella nuova sede.